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神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)生成三維圖像,以色列研發(fā)顯微鏡可觀察活細(xì)胞

如意 ? 來源:澎湃新聞 ? 作者:澎湃新聞 ? 2020-07-01 09:28 ? 次閱讀
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據(jù)當(dāng)?shù)孛襟w日前報(bào)道,以色列理工大學(xué)成功開發(fā)出一種新型顯微鏡,能以超高分辨率展現(xiàn)活細(xì)胞的三維圖像,有望為生物學(xué)研究帶來革命性變化。

通常,生物學(xué)家利用顯微鏡呈現(xiàn)的細(xì)胞二維圖像觀察其內(nèi)部情況,而細(xì)胞本身是三維結(jié)構(gòu),因此二維圖像無疑會(huì)丟失部分信息。

迄今為止,人們通過對(duì)研究樣本逐層掃描,然后用計(jì)算機(jī)合成三維圖形的方法來了解物體結(jié)構(gòu)。但逐層掃描過程要求被掃描對(duì)象必須在整個(gè)過程保持靜止,該局限性表明它不可能用于觀察活細(xì)胞。而標(biāo)準(zhǔn)光學(xué)顯微鏡由于存在透鏡衍射極限,也具有局限性。

以色列理工大學(xué)研究人員開發(fā)的超分辨率三維成像系統(tǒng)名為DeepSTORM3D,它不僅能夠以10倍于標(biāo)準(zhǔn)光學(xué)顯微鏡的分辨率繪圖,而且還能繪制研究對(duì)象的動(dòng)態(tài)三維圖像。

DeepSTORM3D系統(tǒng)開發(fā)負(fù)責(zé)人約阿夫·肖特曼副教授說,通過波陣面成形的方法可以從二位圖像中獲取深度信息,該方法對(duì)相機(jī)獲得圖像中的每個(gè)分子的深度進(jìn)行編碼。然而,其存在的問題是,如果附近有多個(gè)分子,它們的圖像會(huì)在相機(jī)成像中重疊,這將大大降低空間和時(shí)間分辨率,以至于有時(shí)無法對(duì)某些研究對(duì)象獲得有用的圖像。

為了解決這個(gè)問題,研究人員將目光轉(zhuǎn)向深度學(xué)習(xí)領(lǐng)域,開發(fā)一種能夠產(chǎn)生自行解決方案的人工神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)。將大量虛擬樣本輸入網(wǎng)絡(luò)對(duì)系統(tǒng)進(jìn)行培訓(xùn)后,神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)知道如何從現(xiàn)實(shí)的顯微鏡數(shù)據(jù)中產(chǎn)生超高分辨率的三維圖像。

研究人員使用該系統(tǒng)能夠繪制細(xì)胞的能量產(chǎn)生者——線粒體的三維圖像,并為活細(xì)胞中熒光標(biāo)記端粒成像。肖特曼表示,這項(xiàng)以超高分辨率繪制活細(xì)胞中生物學(xué)過程的新技術(shù),將幫助人們擴(kuò)展生物學(xué)研究的深度。

總編輯圈點(diǎn)

人類是個(gè)“貪心”的物種,不僅想把那些小東西看得更清晰,還想把它們看得更有“深度”。生命科學(xué)研究的發(fā)展對(duì)顯微技術(shù)提出了越來越高的要求,要空間分辨率高,要成像深度大,還要求速度快。可是要做到這些,在物理上難度就很大。如果在物理這條路上走不通,能不能換一種思維方式?研究人員用了深度學(xué)習(xí),讓神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)“學(xué)會(huì)”從顯微鏡數(shù)據(jù)中生成三維圖像,這樣一來,人類就能從顯微鏡中看到3D版的活細(xì)胞。奇思妙想,總能從學(xué)科交叉處涌現(xiàn)。

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