隨著生物芯片技術(shù)在廣大科研工作人員研究工作中的應(yīng)用， 在寫作論文的時候，如何比較科學(xué)、直觀地體現(xiàn)生物芯片實驗的結(jié)果，是一些初步嘗試?yán)眯酒瑪?shù)據(jù)來寫作論文的科研工作人員希望了解的環(huán)節(jié)。 現(xiàn)就筆者在生物芯片技術(shù)領(lǐng)域積累的一些經(jīng)驗，做一個初步的總結(jié)。但由于生物技術(shù)發(fā)展很快，有很多內(nèi)容可能遺漏，還請讀者能及時指出不足之處。

挑選差異表達(dá)的基因:利用生物芯片進(jìn)行研究的第一步，往往是要找到差異表達(dá)的基因。選擇差異表達(dá)的基因，筆者建議采用生物芯片為科研工具的研究人員使用 SAM 軟件
（Significant Analysis of Microarray） ， 它是由Standford大學(xué)開發(fā)的一個免費(fèi)軟件，目前廣泛地被學(xué)術(shù)界所采用，進(jìn)行挑選差異基因。SAM 軟件可以作為插件在Office Excel 軟件中進(jìn)行應(yīng)用，很容易被生物醫(yī)學(xué)工作者掌握。SAM 軟件進(jìn)行分析的一個基本前提就是需要至少 3 次實驗以上的重復(fù)。 這里的重復(fù)可以是生物材料的重復(fù)，例如某種疾病包含多個病人；也可以是實驗的重復(fù)，例如藥物處理細(xì)胞做了 4 次實驗。通過重復(fù)實驗，才能從統(tǒng)計學(xué)意義上判斷差異變化的基因。可以理解 SAM 軟件和統(tǒng)計學(xué) t-test 檢驗有類似之處。筆者從合作單位被編輯退回
的稿件中了解到，有很多退稿是因為沒有進(jìn)行重復(fù)實驗，例如對照和處理各一個樣本，然后認(rèn)為熒光信號值差異在 2 倍以上的基因就是差異的基因。審稿編輯的意見往往是需要加上重復(fù)實驗進(jìn)行統(tǒng)計分析。