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全球首個手機全基因測序分析成功!

微流控 ? 來源:YXQ ? 2019-06-16 11:17 ? 次閱讀
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通過一部手機就能掌握生命奧秘?兄弟姐妹之間的基因序列,能否直觀地知道有哪些不一樣?孩子的基因,哪些來自父親,哪些來自母親?未來有一天,基因測序會不會就像手機購物一樣方便?

看起來放肆大膽的想法,能否實現(xiàn)?恰如本哈德·施林克所言,人有時候也要全力去做些瘋狂的事,有時候這么干就是正確的。

不久前,華大對外透露了全球首次實現(xiàn)手機個人全基因組測序分析的消息,引起震動。

實現(xiàn)這個大膽想法的 ,是三個年輕人。

手機WGS開發(fā)團隊成員(左至右):于闖、張優(yōu)勁、趙林英

畢業(yè)半年就接了個“大項目”

項目在今年的春節(jié)前后正式啟動。當時,整個團隊對這件事能不能做成,沒有一個人有十足的把握。

得知這個消息,2018年研究生畢業(yè)的張優(yōu)勁抱著試一試的心態(tài)報名了?!皠偤梦矣邪沧肯到y(tǒng)的經(jīng)驗,也熟悉生信流程和計算機原理,覺得還挺有挑戰(zhàn)性。”

但當領(lǐng)導正式通知由他負責項目時,“當時我整個人就震驚了”。但是沒有沉浸在“為什么是我”的震驚中,他馬上投入到開發(fā)中。

抱著挑戰(zhàn)一下的心態(tài),研究生畢業(yè)半年的張優(yōu)勁負責了項目中近90%的開發(fā)

如何讓15G的WGS數(shù)據(jù)在Android手機中運行起來,成了他最大的難題。在當前的運算環(huán)境下,手機只能跑一條染色體,不然就會卡死,要做全基因組分析,談何容易!

這不僅要求研發(fā)人員必須掌握過硬的安卓系統(tǒng)開發(fā)知識,還必須懂生信流程和計算機原理,面對突發(fā)情況要做到隨機應(yīng)變,還必須有強大和全面的知識基礎(chǔ)。得益于在研究生期間的項目積累,張優(yōu)勁利用了“分”“治”的思想,先把數(shù)據(jù)做了分塊,再處理。

到了4月份,第一次個人全基因組分析終于在華為手機上跑通了,等于實現(xiàn)了原理性的驗證。團隊對整體進程非常滿意,項目進入優(yōu)化攻堅階段。這個時候,趙林英和于闖加入了。

自動化專業(yè)的趙林英,研發(fā)之外愛好閱讀和寫作

“在手機上做個人基因組測序分析,是天方夜譚嗎?”雖然剛聽說這個項目,畢業(yè)兩年多的趙林英和于闖都感到挺驚訝的。基于此前有一年多的安卓底層的開發(fā)經(jīng)驗,趙林英欣然加入了,主要負責部分代碼及GATK部分代碼C化,連接分析各個部分;于闖主要負責GATK模塊的重寫與加速。

他們發(fā)現(xiàn),原來基于x86架構(gòu)的生信程序想在基于ARM架構(gòu)的手機上跑起來并不簡單。底層結(jié)構(gòu)的差異導致某些模塊無法運行、某些模塊運行緩慢。團隊對芯片進行了指令加速、線程調(diào)度、算法重構(gòu)、內(nèi)存優(yōu)化等改造。

到了5月份,數(shù)據(jù)終于能在手機上流暢地跑通了。“4月份,我們主要進行的是原理性驗證,證明在手機上能做這件事;到了5月份,數(shù)據(jù)就進行得比較順暢了。好像做一道菜,原來只是煮熟了,現(xiàn)在可以說是美味了?!睆垉?yōu)勁如此形容。

數(shù)學與應(yīng)用數(shù)學專業(yè)出身的于闖,專注于算法與高性能優(yōu)化,愛好騎行與電子游戲,是隱藏的羽毛球高手

手機,還有手機!

5月27日,華大在生命大數(shù)據(jù)高峰論壇暨第四屆基因組云計算技術(shù)開發(fā)者峰會(GCTA 4)公開了這個消息。在人類從信息時代走向生命健康時代的今天,該數(shù)據(jù)的完成具有重大意義,也引起了業(yè)界的廣泛關(guān)注。

而讓他們意想不到的是,消息發(fā)布后不久,在國產(chǎn)芯片上跑通了首個WGS數(shù)據(jù)的他們,就收到了來自CEO尹燁博士以個人名義發(fā)出的禮物——三部華為P30手機。

“激動,更多的是成就感?!睆垉?yōu)勁稱,公司在一個非盈利的項目上投入時間和人力,彰顯了極強的開拓探索的精神。作為新人的他們,得到這樣的機會就已屬難得,得到認可更是意外之喜。

趙林英坦言,作為一名非生物專業(yè)的程序員,加入華大前,就深受《人類簡史》和《未來簡史》的影響,現(xiàn)在能參與到具體的項目中,探索生命和基因的奧妙,感覺既神奇又幸運。

回顧整個研發(fā)流程,于闖認為項目增加了自己基于不同架構(gòu)開發(fā)的經(jīng)驗,對未來針對不同生物信息流程的算法以及性能優(yōu)化提供了寶貴的經(jīng)驗。

研發(fā)還在繼續(xù)。我們有理由相信,這遠非他們的非凡時刻。

聲明:本文內(nèi)容及配圖由入駐作者撰寫或者入駐合作網(wǎng)站授權(quán)轉(zhuǎn)載。文章觀點僅代表作者本人,不代表電子發(fā)燒友網(wǎng)立場。文章及其配圖僅供工程師學習之用,如有內(nèi)容侵權(quán)或者其他違規(guī)問題,請聯(lián)系本站處理。 舉報投訴
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原文標題:全球首個手機全基因測序分析成功了!開發(fā)團隊的下場竟然是……

文章出處:【微信號:Micro-Fluidics,微信公眾號:微流控】歡迎添加關(guān)注!文章轉(zhuǎn)載請注明出處。

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